داستان فیلم در آینده نزدیک رخ میدهد ، جایی که یک زندانی با پیشنهادی از یک موسسه قبول میکند که به روی او آزمایشی انجام شود تا بتواند مجدد راه برود اما چیزی نمیگذرد که متوجه میشود به آدمی دیگر تبدیل شده و…

 اندرسون که یک برنامه نویس است متوجه شده که چیزی در دنیا درست نیست, او مدتی است که به دنبال رد پایی از شخصی به نام مورفیوس می گردد تا بتواند با او دیدار کند و برای سوالاتی که در ذهنش دارد جوابی پیدا کند! روزی این تماس از طریق دختری به نام ترینیتی صورت می گیرید و باعث می شود تا زندگی آقای اندرسون به طوری کامل تغییر پیدا و از دنیای ماتریکس بیدار شده تا دنیای واقعی را که سال ها از او مخفی شده بود را ببیند و…

"جیمز" و "مارک" قربانیان زورگویی "گری پارکر" هستند. در آخرین سال دانشگاه آنها تصمیم می گیرند که به این وضع پایان دهند، با به قتل رساندن "گری" و ...